市人防办下设7个内设机构及5个直属单位
（一）秘书处。负责机关的综合协调工作;负责文秘、会务、机要、保密、文书档案、电子政务、安全保卫、安全生产、行政管理、后勤保障、战备值班、信访稳定、计划生育、精神文明建设等工作。
（二）人事处。负责机关组织人事、机构编制、教育培训等工作;对直属事业单位组织人事工作进行指导和管理;负责离退休干部工作。
（三）工程建设管理处。会同有关部门编制城市人民防空工程建设总体规划、城市地下空间开发利用总体规划;拟订人防工程建设、使用、维护的技术标准和人防工程管理标准并监督实施;负责人防工程建设、使用、维护、改造、管理的日常巡查和事后监管工作;组织开展人防工程质量监督工作;负责地下交通干线、综合管廊等基础设施以及其他城市地下空间建设兼顾人民防空需要的管理和监督检查;检查指导城市人防工程平战转换及临战准备工作;负责对人防工程设计、审图、监理。防护设备生产安装等中介机构的资质、从业能力和履行质量责任的行为进行监督管理;承办市本级自建工程项目申报审批、建设、使用和维护管理工作。
（四）指挥通信处。负责拟订各种保障方案;指导防空防灾演练;负责人民防空通信、警报、信息网络规划、建设、技术管理和各项保障工作;负责通信、警报、信息网络建设使用和维护管理的事前服务、日常巡查和事后监管工作;拟订利用人民防空资源参与抢险救灾、应急救援等各种保障计划;定期组织开展防空警报试鸣活动;承担市人防指挥部日常工作;战时组织城市人民防空袭行动,参与组织消除空袭后果、恢复生产和生活秩序。
（五）财务审计处。负责全市人民防空财务管理工作。负责编制、审核人民防空年度经费预决算;负责组织实施财务管理、会计核算、国有资产管理和人防系统财务审计等工作;会同财政部门负责人民防空工程易地建设经费的管理;负责各直属事业单位和各县(市)区人防财务的监督检查工作。战时负责编报防空袭经费、物资计划并统计战损情况,协调实施人民防空经费、物资保障。
（六）行政审批办公室。负责拟订人民防空行政审批规范性文件和规章制度并组织实施;负责行政审批的统一受理、统一办理、统一送达工作;负责防空地下室建设审批、易地建设人防工程、使用、改造、拆除审批;负责建筑面积2万(含)平方米以下单建人防工程审批;负责城市地下空间建设兼顾人民防空要求审批;负责人防工程竣工验收备案,依法征缴人民防空工程易地建设费;负责人防工程建设、使用、维护、改造、管理的事前服务工作。
（七）法规宣传处。负责组织拟订郑州市人民防空地方性法规草案和政府规章草案;负责全市人民防空依法行政工作；负责“双随机、一公开”工作,组织查处人防违法案件;负责对本机关拟发布的规范性文件、拟做出的具体行政行为、拟签订的合同进行合法性审核;承办行政复议、行政诉讼工作;负责人民防空宣传教育、公众防空防灾知识普及和技能培训;负责新闻宣传工作,开展社会化宣传教育活动;开展行政执法人员的教育培训工作。
机关党委。负责机关和直属单位的党群、纪检工作。
郑州市人防特种救援中心：人防应急值班管理，人防灾情受理；参与灾情处置、应急救援；人防应急救援队伍组织、训练、管理；应急救援器材、装备、物质保障。
郑州市人防工程管理维护中心：负责全市人防工程的管理及维护工作，承担市属人防工程的平战结合工作；负责全市人防工程抢险救灾任务；完成市人防办交给的其他任务。
郑州市“2001工程”管理所：全市战时防空、平时抢险救灾指挥自动化建设与全市人防信息化建设，负责人防信息化服务平台、土建及智能化控制、消防、水电、通风设施的维护管理和使用。
郑州市人防工程质监站职责：为人防工程质量提供监督保障，人防工程质量监督工作实施细则制定，参建人防工程勘察、设计、监理、施工单位监督检查，人防设备生产安装企业及人防设备质量检测机构监督检查，人防工程实体质量，人防设备质量监督检查，参与人防工程质量事故处理。
郑州市人防指挥信息保障中心：承担人防（民防）信息化建设、科研开发、设备设施维护管理、传递发放防空袭警报信号、战备执勤和演练保障；执行各级党委、政府及人防指挥部组织抢险救援的信息保障；承担人防（民防）部门交办的其他信息保障任务。