郑州市应急管理局设下列17个内设机构：办公室、应急指挥中心、人事处、宣传训练处、风险监测和综合减灾处、救援协调和预案管理处、火灾防治指导处、防汛抗旱处（地震和地质灾害救援处）、危险化学品安全监督管理处、安全生产基础处、安全生产综合协调处、救灾和物资保障处、法规处、规划财务处、科技和信息化处、调查评估和统计处、行政审批办公室。以及政治部和机关党委。

下设4个二级机构，分别是郑州市防灾减灾中心、郑州市应急管理综合行政执法支队、郑州市应急救援保障支队、郑州市应急管理宣传教育中心。