一、办公室。负责综合协调、督察督办工作；负责会务、文电、印鉴、宣传、政务公开、后勤保障、法治建设、依法行政、平安建设、档案归集等工作；负责政风行风建设；协助开展纪检监察工作。

二、人事教育科。协助中心领导做好领导班子、干部队伍建设；负责党建、人事管理、计划生育、教育培训、精神文明建设等工作。

三、计划财务科（综合计划科）。牵头做好医疗保障经办事业规划及目标任务制定、分解和监督考核等工作；负责全市医疗保险（生育）保险费征缴计划和个人账户拨付计划编制工作；负责全市医疗（生育）保险统计、运行分析、精算及报表制作、上报工作；负责全市医疗（生育）保险内控制度建设、实施工作；负责全市医疗（生育）保险基金审计工作。

四、信息保障科。负责全市医疗保障信息化建设相关工作；负责中心信息化设备、软件系统和网络服务平台的规划、运维、管理工作和各险种数据管理工作。

五、基金管理科（基金财务科）。统筹全市医疗（生育）保险基金预决算和管理工作；负责公务员医疗补助资金管理工作；负责特殊群体医疗保障资金申请、管理工作；负责部门预决算和经费管理工作。

六、大厅服务信访科。统筹全市医保办事大厅公共服务工作，负责市本级经办大厅管理、窗口作风建设等工作；负责医疗（生育）保险网上和线下业务受理、经办及转办工作；负责群众来信来访和举报投诉处理、回复等工作；负责全市医保经办标准化建设和行政审批工作。

七、定点医药机构事务科。统筹全市定点医药机构管理工作；负责定点医药机构协议签订、报备、信息管理、考评和医保医师管理工作；协同做好打击欺诈骗保工作。

八、综合登记科。统筹全市用人单位、灵活就业人员及特殊群体城镇职工基本医疗（生育）保险、机关事业单位公务员医疗补助等参保和变更登记工作；负责特殊群体财政专项资金预算编制工作；负责城镇职工基本医疗保险缴费工资申报、核定、关系转移接续工作；协助做好全市医疗(生育)保险费征缴和清缴工作；牵头处置多险种综合业务疑难问题。

九、稽查科。负责全市医疗(生育)保险参保情况的监测、稽查、复核和医疗(生育)保险费清缴工作；负责先行支付医疗保险费的核准、追偿工作；负责全市定点医药机构稽核检查工作；协助行政部门开展打击医疗保障领域违法违规和欺诈骗保行为等工作；负责医疗保险领域信用体系建设。

十、待遇保障科。负责市属离休干部、全市副师职及以上移交地方安置的军队退休干部的医疗待遇审核、财政专项资金预算编制、异地就医工作；负责一至六级残疾军人医疗补助审核工作。

十一、城镇职工医疗保险待遇科。统筹全市城镇职工基本医疗（生育）保险待遇、公务员医疗补助经办工作；落实医保支付方式改革工作；负责药品目录库、医疗服务项目库、医疗服务设施库等管理和维护工作；承办药品、医用耗材招标采购和医疗服务价格管理等事务性工作；负责门诊规定病种、门诊重特大疾病鉴定和医疗费用审核工作；负责2015年之前认定的机关事业单位工伤人员医疗费用报销工作；监督商业保险公司做好职工医保商业补充保险工作。

十二、城乡居民医疗保险待遇科。统筹全市城乡居民医疗保险参保登记工作；负责医疗保障脱贫攻坚工作；负责定点医疗机构医疗费用审核工作；负责康复类治疗项目费用审核工作；负责医疗保险门诊统筹、异地就医工作；监督商业保险公司做好居民大病保险、大病补充保险经办工作。